La qualité de la préparation détermine celle de l'examen : un côlon mal préparé fait manquer des lésions et impose souvent de recommencer.
Régime sans résidu pendant plusieurs jours, puis solution de lavage prise en deux temps, dont une partie le matin même. Ce fractionnement améliore nettement la propreté par rapport à une prise unique la veille.
Anticoagulants, antiagrégants, traitements du diabète et suppléments en fer font l'objet de consignes précises avant l'examen. Aucun ne doit être interrompu sans avis médical.
La coloscopie se pratique le plus souvent sous anesthésie générale courte, avec consultation d'anesthésie préalable obligatoire. La conduite est interdite le jour même et un accompagnant est nécessaire à la sortie.